La Diputación de Córdoba se suma a un proyecto del CSIC que busca fármacos contra el coronavirus

Encontrar un fármaco utilizado en el tratamiento de otras enfermedades virales que actúe contra el coronavirus 2 (SARS-CoV-2) es el propósito del proyecto de ciencia ciudadana COVID-PHYM, impulsado por el Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) y la Fundación Ibercivis. Puesto que algunos medicamentos en uso ya han demostrado ser suficientemente seguros para la salud humana, podrían estar disponibles para tratar a pacientes con covid-19 mucho antes que un compuesto de nueva creación y, por tanto, acelerar el control de la pandemia.

Bajo esta premisa, el grupo Biophym del Instituto de Estructura de la Materia del CSIC se ha propuesto realizar simulaciones de la interacción de fármacos empleados contra el ébola, la infección por VIH, la gripe o la hepatitis B con la maquinaria de replicación del genoma del virus SARS-Co-V.

En este contexto, la Diputación de Córdoba, junto a las de Sevilla y Cádiz, ha puesto a disposición del CSIC las capacidades de computación de sus Centros de Proceso de Datos (CPDs) para acelerar la búsqueda de un fármaco que actúe contra el SARS-CoV-2. El presidente de la Empresa Provincial de Informática (Eprinsa) de la Diputación de Córdoba, Víctor Montoro, ha explicado que un ordenador convencional tardaría varios años en ejecutar los cálculos necesarios para llevar a cabo la investigación. Por eso, el proyecto contará con el apoyo de los miles de ordenadores que forman parte de la plataforma de computación distribuida de Ibercivis (Ibercivis BOINC).

Al activarse BOINC, cada equipo conectado a la plataforma recibe una colección de datos y las instrucciones para analizarlos. Los resultados obtenidos se devolverán al proyecto para ser estudiados por el equipo investigador.

De esta forma, sumando la capacidad de proceso de los dispositivos conectados a la plataforma, se alcanzará una potencia de cálculo similar a la de un supercomputador y se podrán desarrollar todas las actividades del proyecto.

El programa BOINC fue creado en 2002 para ayudar al proyecto SETI a analizar un enorme volumen de señales de radio provenientes del espacio y encontrar en ellas indicios de vida extraterrestre. Desde entonces ha sido utilizado en áreas tan diversas como la física, las matemáticas, la climatología o la astrofísica.

Eprinsa colabora con la creación, en su nube privada, de un conjunto de hasta 80 servidores (virtualizados) dedicados en exclusiva al cálculo y análisis de datos. El presidente de Eprinsa ha aclarado que el proyecto no causará merma alguna en la capacidad de proceso del sistema informático provincial, ya que la plataforma BOINC, desarrollada por la Universidad de Berkeley (USA), aprovecha los sistemas en reposo o baja actividad -por la noche o fines de semana- para realizar sus cálculos.

Montoro también ha comunicado que fomentará la adhesión de sus trabajadores y trabajadoras al proyecto, remitiendo a través de sus sistemas de comunicación internos (intranet) y externos (extranet) información al respecto y dónde recomendará la adhesión de forma personal al proyecto. “En este proyecto cualquier persona puede ayudar. Basta con instalar el producto y dejar que su ordenador realice operaciones de cálculo durante la noche, mientras está en pausa, durante el horario que considere conveniente”, ha señalado.

“Disponer de fármacos eficaces contra el coronavirus es esencial para disminuir la severidad y la mortalidad de la enfermedad”, explica Javier Martínez de Salazar, líder del grupo Biophym. “La proteína seleccionada como diana juega un papel central en la replicación y transcripción del material genético del virus; si se neutraliza, se puede frenar la propagación del virus en el organismo y ayudar en la curación”, añade. Sin embargo, advierte, “buscar un compuesto capaz de neutralizar una proteína concreta es como probar un enorme número de llaves para abrir una cerradura y, cuando este proceso se simula por medios informáticos, exige una gran potencia de cálculo”.

“Igual que una llave en una cerradura, la eficacia de un fármaco depende de lo bien que se adapte su estructura a la de la zona donde la proteína desarrolla su actividad”, agrega Martínez de Salazar

“Existen modelos basados en química-física que pueden predecir la eficacia de los compuestos mediante técnicas computacionales –denominadas in silico– antes de que sean probados en ensayos clínicos. Pero estos modelos implican realizar cientos de miles de cálculos para medir la fuerza de la interacción de cada una de las posibles asociaciones entre el fármaco y la proteína”, apunta Javier Ramos Díaz, uno de los investigadores del grupo.